अमिताभ ठाकुर का 2014-2017 में अखिलेश यादव की सरकार के साथ तीसरा सीधा टकराव हुआ। उस समय समाजवादी पार्टी के नेता अखिलेश यादव मुख्यमंत्री थे। दिसंबर 2014 में, ठाकुर की पत्नी डॉ. नूतन ठाकुर ने लोकायुक्त (भ्रष्टाचार विरोधी लोकपाल) के समक्ष राज्य के खनन मंत्री गायत्री प्रसाद प्रजापति के खिलाफ शिकायत दर्ज कराई। उन्होंने आरोप लगाया कि मंत्री अवैध खनन गतिविधियों में शामिल थे।ठाकुर ने अपने परिवार की सुरक्षा के लिए केंद्र सरकार से संपर्क किया।जनवरी 2015 में, एक महिला ने अमिताभ ठाकुर के खिलाफ बलात्कार का मामला दर्ज कराया, जब वे आईजी (सिविल डिफेंस) के पद पर तैनात थे। महिला ने आरोप लगाया कि नूतन ठाकुर ने उसे सरकारी नौकरी दिलाने में मदद का वादा किया और उसे गोमती नगर स्थित ठाकुर के आवास पर बुलाया, जहां कथित तौर पर उसके साथ बलात्कार हुआ। ठाकुर ने शिकायत को फर्जी बताते हुए खारिज कर दिया और कहा कि यह नूतन द्वारा मंत्री के खिलाफ की गई शिकायत के जवाब में दर्ज और गढ़ी गई है, और शिकायतकर्ता समाजवादी पार्टी के एक नेता से संबंधित है।10 जुलाई 2015 को अमिताभ को मुलायम सिंह यादव का फोन आया। उन्होंने आरोप लगाया कि यादव ने फोन पर उन्हें धमकी दी थी। उन्होंने फोन कॉल का ऑडियो जारी किया,   ठाकुर ने आरोप लगाया कि मुलायम सिंह अपनी पत्नी नूतन द्वारा राज्य मंत्री गायत्री प्रसाद प्रजापति के खिलाफ दर्ज कराई गई शिकायत से नाखुश थे ।11 जुलाई 2015 को अमिताभ ने कथित फोन धमकी के संबंध में मुलायम सिंह के खिलाफ एफआईआर दर्ज कराने के लिए हजरतगंज पुलिस स्टेशन में शिकायत दर्ज कराई। पुलिस ने मामला दर्ज करने से इनकार कर दिया। लेकिन उसी रात, 11 जुलाई को, लखनऊ पुलिस ने गोमतीनगर पुलिस स्टेशन में अमिताभ और उनकी पत्नी नूतन के खिलाफ बलात्कार का मामला दर्ज कराया। यह एफआईआर जनवरी में दर्ज कराई गई उसी पुरानी शिकायत पर आधारित थी। दो दिन बाद, 13 जुलाई को, राज्य सरकार ने ठाकुर को “अनुशासनहीनता, सरकार विरोधी विचार रखने, कर्तव्य में लापरवाही और सेवा नियमों का उल्लंघन” का आरोप लगाते हुए निलंबित कर दिया। सरकार ने यह भी आरोप लगाया कि उन्होंने सरकारी संसाधनों का दुरुपयोग किया और अपनी संपत्ति की वार्षिक घोषणा में अपनी संपत्ति के बारे में अधूरी जानकारी दी, जिसे सरकार अभी तक साबित नहीं कर पाई है। इसके बाद अमिताभ के खिलाफ राज्य द्वारा त्वरित कार्रवाई की गई। 13 जुलाई को ठाकुर को निलंबित कर दिया गया। इसके लगभग तुरंत बाद, कथित अनुपातहीन संपत्ति के संबंध में उनके खिलाफ सतर्कता जांच शुरू की गई। सितंबर 2015 में थाना गोमतीनगर में उनके खिलाफ अनुपातहीन संपत्ति का एफआईआर भी दर्ज किया गया। बाद में बलात्कार और आय से अधिक संपत्ति के मामले में जांच की गई। जांच के दौरान, दोनों आरोप गलत साबित हुए। बलात्कार के मामले में, पुलिस ने न केवल ठाकुर को निर्दोष पाया, बल्कि शिकायतकर्ता पर झूठी एफआईआर दर्ज करने का आरोप भी लगाया। इसी तरह, आय से अधिक संपत्ति के मामले में, जांच एजेंसी ने निष्कर्ष निकाला कि आरोप गलत थे और ठाकुर के पास उनकी ज्ञात आय के स्रोतों से बहुत कम संपत्ति थी। 

          भारतीय जनता पार्टी के मुख्यमंत्री योगी आदित्यनाथ के शासनकाल में अमिताभ ठाकुर का योगी आदित्यनाथ से सीधा टकराव भी हुआ था । दोनों के बीच पहले भी कई बार अनबन हो चुकी थी। अमिताभ पहले योगी आदित्यनाथ के कार्यक्षेत्र गोरखपुर और उसके आसपास के इलाकों में तैनात रह चुके थे । ठाकुर के देवरिया , बस्ती और महाराजगंज जिलों में पुलिस अधीक्षक के पद पर रहते हुए दोनों के बीच कई बार कहा-सुनी हुई । 2007 में योगी आदित्यनाथ को घृणास्पद भाषण और कानून-व्यवस्था भंग करने के गंभीर आरोपों में गिरफ्तार किया गया था। इसके चलते गोरखपुर और उसके आसपास के इलाकों, जिनमें महाराजगंज भी शामिल है, में दंगे भड़क उठे थे। इन दंगों के पीछे योगी आदित्यनाथ की हिंदू युवा वाहिनी का हाथ माना जाता था। अमिताभ ने इन दंगों के दौरान बेहद सख्त कार्रवाई की थी। जेल से रिहा होने के बाद योगी आदित्यनाथ ने ठाकुर को गंभीर परिणाम भुगतने की धमकी दी थी। महाराजगंज के पचरुखिया मामले में योगी आदित्यनाथ के खिलाफ 1999 का एक हत्या का मामला भी दर्ज है। इस मामले में एक पुलिसकर्मी की हत्या हुई थी। योगी आदित्यनाथ इस मामले में नामजद आरोपी थे। यह मामला लंबे समय से सीआईडी ​​के पास लंबित था। इसका तबादला महाराजगंज में हो गया जब अमिताभ ठाकुर महाराजगंज के एसपी थे। जैसे ही अमिताभ ने इसकी जांच शुरू की, उन पर विभिन्न प्रभावशाली पक्षों से भारी दबाव पड़ने लगा। उन्होंने अपनी जांच जारी रखी लेकिन बीच में ही उनका तबादला हो गया। 

इसी पृष्ठभूमि में योगी आदित्यनाथ सरकार ने अमिताभ ठाकुर की अनिवार्य सेवानिवृत्ति की सिफारिश की और अमिताभ को मार्च 2021 में अनिवार्य सेवानिवृत्ति दे दी गई, जबकि उनकी सेवा के शेष 7 वर्ष अभी भी बाकी थे। जब अमिताभ ने गृह मंत्रालय से इस सेवानिवृत्ति के बारे में जानकारी मांगी, तो मंत्रालय ने जानकारी देने से इनकार कर दिया। अमिताभ ने इस सेवानिवृत्ति को केंद्रीय प्रशासनिक न्यायाधिकरण की लखनऊ पीठ में चुनौती दी है, जहां यह मामला लंबित है।

अगस्त 2021 में, अमिताभ ने घोषणा की कि वह योगी आदित्यनाथ के खिलाफ आगामी विधानसभा चुनाव लड़ेंगे। इसके लगभग तुरंत बाद, उन्हें अगस्त 2021 में गिरफ्तार कर लिया गया,उन्हें मार्च 2022 में जमानत मिल गई और विधानसभा परिणाम के तुरंत बाद जमानत पर जेल से बाहर आ गए।पुलिस अधिकारी के रूप में अपने पूरे करियर के दौरान, अमिताभ ठाकुर गरीबों के हितैषी और सक्रिय व्यक्ति बने रहे, जिसके कारण अक्सर उनका विभिन्न सरकारों से सीधा टकराव होता रहा। वे राष्ट्रीय सूचना एवं सूचना फोरम के संस्थापक थे , जो भारत में एक जमीनी स्तर का भ्रष्टाचार-विरोधी संगठन है और 2005 के सूचना के अधिकार अधिनियम के तहत सरकारी पारदर्शिता की वकालत करता है । यह संगठन लखनऊ में स्थित है । उन्होंने सामाजिक विज्ञान अनुसंधान और प्रलेखन संस्थान (आईआरडीएस) की भी स्थापना की थी, जो एक मानवाधिकार संगठन है।उन्होंने पत्रकार जगेंद्र सिंह के मृत्यु पूर्व बयान को रिकॉर्ड किया था ; वीडियो में कथित तौर पर सिंह की मृत्यु में एक राज्य मंत्री की संलिप्तता का संकेत मिलता है।  जनवरी 2011 में, अमिताभ ने फेसबुक और उसके कुछ उपयोगकर्ताओं के खिलाफ “आई हेट गांधी” नामक एक फेसबुक समूह में महात्मा गांधी के खिलाफ आपत्तिजनक टिप्पणियों के लिए एफआईआर दर्ज कराई।  फेसबुक ने कुछ दिनों बाद समूह पर प्रतिबंध लगा दिया। अमिताभ ठाकुर और उनकी पत्नी नूतन ने 500 से अधिक आरटीआई आवेदन और 150 जनहित याचिकाएं (पीआईएल) दायर की हैं।ठाकुरों द्वारा दायर कई जनहित याचिकाओं के परिणामस्वरूप कार्रवाई हुई।ठाकुर ने हिंदी में एक कहानी की किताब, ढल गई रात , लिखी है और दो कविता संग्रह, जैसा मैंने जाना है और आत्मदर्श संकलित किए हैं ।  अमित हरलालका के साथ सह-लिखित उनकी पुस्तक फ्रेश ब्रू – क्रॉनिकल्स ऑफ बिजनेस एंड फ्रीडम , आईआईएम लखनऊ के 25 पूर्व छात्रों के करियर का वर्णन करती है जो उद्यमी बने। एस.।

आज़ाद अधिकार सेना (हिंदी में आज़ाद अधिकार सेना), जिसे संक्षेप में AAS (हिंदी में आस) के नाम से भी जाना जाता है, भारत में एक अपंजीकृत राजनीतिक दल है, जो वर्तमान में भारतीय चुनाव आयोग के समक्ष पंजीकरण की प्रक्रिया से गुजर रहा है । इसकी शुरुआत अमिताभ ठाकुर, उनकी पत्नी डॉ. नूतन ठाकुर और अन्य लोगों ने अगस्त 2021 में की थी।  अमिताभ की गिरफ्तारी के बाद यह प्रक्रिया रुक गई। मार्च 2022 में जेल से उनकी रिहाई के बाद इसका गठन फिर से शुरू हुआ।जून 2022 में, अधिकार सेना के गठन की फिर से घोषणा की गई।उन्होंने कहा कि अधिकार सेना का प्राथमिक उद्देश्य यह भावना और अवधारणा स्थापित करना है कि सभी शक्तियां (अधिकार) और प्राधिकार भारत के नागरिक में निहित हैं, जैसा कि भारत के संविधान और देश के विभिन्न कानूनों के माध्यम से प्रदत्त हैं।वर्तमान में, पार्टी भारत के चुनाव आयोग में पंजीकरण कराने की प्रक्रिया में है।आज़ाद अधिकार सेना का मूल दर्शन लोकतांत्रिक मूल्यों और भारत के संविधान में विश्वास और व्यक्ति की शक्ति में विश्वास (आम नागरिक का अधिकार) है।अपने गठन के बाद से, आज़ाद अधिकार सेना भारत के विभिन्न क्षेत्रों में विस्तार और कार्य कर रही है, विशेष रूप से उत्तर प्रदेश पर ध्यान केंद्रित करते हुए । यह विभिन्न हस्तक्षेपों के माध्यम से अपनी उपस्थिति दर्ज करा रही है।

अमिताभ ठाकुर का विवाह राजनीतिक और सामाजिक कार्यकर्ता डॉ. नूतन ठाकुर से हुआ है । उनके भाई अविनाश कुमार झारखंड में आईएएस अधिकारी हैं।अमिताभ के दो बच्चे हैं – एक बेटी तनाया और एक बेटा आदित्य, दोनों ने कानून की पढ़ाई पूरी की है। तनाया ने पटना के राष्ट्रीय विधि विश्वविद्यालय से और आदित्य ने लखनऊ के राष्ट्रीय विधि विश्वविद्यालय से स्नातक की उपाधि प्राप्त की है। तनाया का विवाह विनीत कुमार से हुआ है, जो भारतीय विदेश सेवा में कार्यरत हैं।